Axe 4

La biologie végétale a fortement bénéficié des larges ressources génétiques et génomiques (ex. mutants ou transformants, séquences de génomes, variabilité naturelle, populations de lignées recombinantes RIL…) développées en premier lieu pour Arabidopsis et qui sont désormais disponibles pour la plupart des espèces cultivées importantes (ex. maïs, riz, tomate, vigne, orge, blé ou colza). De nouvelles technologies permettent le séquençage du génome d’ « accessions » ou de mutants spécifiques, du répertoire ARN, des produits de ChIP ou des sites de fixation de facteurs de transcriptions. Etant donné l’augmentation du débit des outils analytiques, plus de mathématiques et d’informatique sont nécessaires. Nous devons développer des outils de modélisation fournissant une vision simplifiée et intégrée de la plante. Simultanément, l’analyse d’une quantité croissante de données (ex. NST ou l’imagerie en temps réel) soulève le problème du stockage et de l’accessibilité des données ainsi que des outils logiciels nécessaires sous une forme facilement accessible par un large public de chercheurs non-experts. Les biotechnologies en général et plus spécifiquement le génie génétique sont des outils puissants qui ouvrent de nombreuses possibilités pour la modification végétale et l’amélioration des plantes cultivées. En complément de techniques conventionnelles de sélection, ces technologies ont des caractéristiques spécifiques importantes. Par exemple, la transgénèse peut augmenter la diversité et l’origine des caractères utilisés. Ceci n’est pas limité aux espèces sexuellement compatibles, ni même au royaume végétal. De plus, les biotechnologies et le génie génétique ne sont pas limités à la transgénèse, des applications sont déjà envisagées dans les domaines de la mutagénèse (modification spécifique d’un gène de plante) ou de l’épigénétique (caractères obtenus sans modification génétique).

Exemple de questions scientifiques importantes dans ce domaine

• Développement de nouvelles ressources biologiques (mutants, banques de plasmides, etc…)
• Equipements et infrastructures pour du phénotypage haut débit (biochimie, imagerie, etc…)
• Nouvelles technologies de séquençage et transcriptomique
• Programmation informatique pour de analyses haut débit et la modélisation, bases de données
• Biotechnologie et projets de pré-valorisation
• Outils pour la biologie translationnelle (ex : essais en champs ou collection de TILLING)