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L’équipe SPS-Bioinformatics Analysis and Research Support (SPS-BARS) a développé de nombreux outils dans le cadre de l’appel à projets SPS Bio-analyses.

L’ensemble des outils sont accessibles pour la communauté SPS, sur demande à SPS-Bioinfo@inrae.fr, sur le gitlab sps-bioinfo : https://forgemia.inra.fr/sps-bioinfo

Voici la liste des projets, ainsi que leur coordinateur ou coordinatrice scientifique :

BIOFERN : Pipeline bioinformatique pour la comparaison transcriptomique de deux espèces proches de Fougère
Coordinateur : Sylvain MERLOT (sylvain.merlot@i2bc.paris-saclay.fr)
Outil : Un pipeline nextflow d'assemblage de novo de transcriptome utilisant à la fois les long et short reads
État :  Testé et fonctionnel sur le cluster de l’IPS2

COEXPRESS : Gènes impliqués dans les interactions puceron-hôte-bactérie dans un contexte de domestication
Coordinatrice : Amandine CORNILLE (amandine.cornille@inrae.fr)
Outil : Un pipeline nextflow d’analyse de données RNA-seq du preprocessing à l'analyse différentielle
État : Testé et fonctionnel sur Genotoul

ETARI : Trajectoires d'expression et régulations associées
Coordinateur : Olivier MARTIN (olivier.c.martin@inrae.fr)
État : En cours

ImpFlow : Pipeline d’imputation de génotypes à haute densité chez les plantes
Coordinateur : Stéphane NICOLAS (stephane.nicolas@inrae.fr)
Outil : impflowR est un package R conçu pour générer des données simulées afin d'évaluer la qualité de l'imputation des génotypes
État : Testé et fonctionnel

ISOSEQ : Utilisation du séquençage en long reads pour l'annotation des transcrits et l'analyse de l'épissage alternatif
Coordinateur : Jérémie BAZIN (jeremie.bazin@universite-paris-saclay.fr)
État : En cours

LeptAssemble : Assemblage de génomes de Leptosphaeria
Coordinateur : Nicolas LAPALU (nicolas.lapalu@inrae.fr)
Outil : Pipeline snakemake visant à assembler et à annoter des génomes fongiques hautement compartimentés
État : Testé et fonctionnel sur Genotoul

MapRep : Cartographie des histones modifiées et des sites de liaison des facteurs de transcription à l'ADN répété endogène et exogène
Coordinatrice : Angélique DELERIS (angelique.deleris@i2bc.paris-saclay.fr)
Outil : Pipeline snakemake utilisé pour identifier les insertions plasmidiques dans un génome
État : Testé et fonctionnel sur l’IFB et Genotoul

MetAnnotation : Améliorer l'annotation du métabolome spécialisé des plantes
Coordinateur : François PERREAU (françois.perreau@inrae.fr)
Outil : Application R-shiny pour automatiser la recherche de doublons, d'adduits, de dimères, la fragmentation in-source
État : Testé et fonctionnel

methPLANT : Pipeline d’analyse des données de méthylation
Coordinateur : Nicolas BOUCHE (nicolas.bouche@inrae.fr)
État : En cours

MSGenoVa : Développement d’un pipeline de détection et d’analyse de variations génomiques à partir de séquençage DNAseq Illumina
Coordinatrice : Françoise BUDAR (francoise.budar@inrae.fr)
Outil : Pipeline snakemeke d’analyse complète des variations génomiques dans les bibliothèques d'ADN Illumina
État : Testé et fonctionnel sur l’IFB et Genotoul

multiCRISPR : Génotypage CRISPR multiplex par séquençage Pacbio
Coordinateur : Jean-Denis FAURE (Jean-Denis.Faure@inrae.fr)
Outil : Un pipeline snakemake pour génotyper l'amplicon PCR modifié par Crispr séquencé avec la technologie PacBio
État : Testé et fonctionnel sur Genotoul

riboseq : Contrôle traductionnel de la réponse au stress des plantes
Coordinateur : Benoît CASTANDET (benoit.castandet@ips2.universite-paris-saclay.fr)
Outil : Un pipeline snakemake pour analyser des données de RIBO-seq et RNA-seq et effectuer une analyse différentielle combinée
État : Testé et fonctionnel sur le cluster de l’IPS2

SAPTICON : Pipeline d’analyse pour les transcriptomes de cellules ou de noyaux isolés
Coordinateur : Pierre HILSON (Pierre.Hilson@inrae.fr)
Outil : Un pipeline snakemake d’analyse de données  RNA-seq pour classer et comparer des populations cellulaires.
État : Beta

siPIPE : Pipeline d’analyses de banques de petits ARN permettant d’annoter les clusters de petits ARN et d’identifier leur régulation différentielle
Coordinateur : Thomas BLEIN (thomas.blein@cnrs.fr)
Outil : Un pipeline snakemake pour étudier les clusters d'accumulation de smallRNAs et effectuer une analyse différentielle
État : Testé et fonctionnel sur les clusters de l’IPS2, l’IFB et Genotoul