Protéomique - PAPPSO (GQE-Le Moulon)

Prestations

• Identification et quantification de protéines par spectrométrie de masse (LC-MS/MS)
• Identification et quantification de modifications post-traductionnelles  par spectrométrie de masse (LC-MS/MS)
• Développement d’outils bioinformatiques, destinés à faciliter et à automatiser l'analyse de données protéomiques (protein identification, quantification, statistiques)
• Formations des utilisateurs et collaborateurs à l'utilisation des outils bioinformatiques développés et mis à disposition par la plateforme

Principaux équipements

Spectromètres de masse (LC-MS/MS):

• Orbitrap Fusion Lumos Tribrid (Thermo, acquis en décembre 2015, premier installé en France), couplé à une nanoUPLC (Ultimate 3000 RSLCnano, Thermo)
  > Caractérisations de multiples modifications post traductionnelles
• Qexactive (Thermo), couplé à une nanoUPLC (nanoLC-Ultra 2D, Eksigent)
  > Analyse de mélanges protéiques complexes (identification et quantification) ou détermination de modifications post-traductionnelles
• LTQ-Orbitrap (Themo), couplé à une nanoUPLC (Ultimate 3000 RSLCnano, Thermo)
  > Analyses d'identification et de quantification de mélanges protéiques
• LTQ-ETD (Thermo), couplé à une nanoUPLC (en cours de remplacement)
  > Identification sur des spots 2D ou bande SDS-PAGE

Préparation des échantillons :

• 2 systèmes chromatographiques pour la séparation des protéines/peptides en amont de l'analyse en LC-MS/MS :
  - Système à basse pression (FPLC ÄKTA Purifier, Amersham)
  - Système à haute pression (HPLC Ultimate, Dionex)
• Robot de digestion permettant l'hydrolyse de protéines en gel (Progest, Genomic Solution)

Plateforme Stratégique Nationale