Rencontrez les doctorant·e·s SPS – Axelle DEROUBAIX

Axelle Deroubaix, diplômée du master en Sciences du Végétal, a intégré en 2023 l’équipe « Effectors of Cellular Communication at the fungal-Plant interface» à BIOGER (BIOlogie et GEstion des champignons phytopathogènes), où elle prépare sa thèse sous la direction de Jean-Félix Dallery. 

Parlez-nous brièvement de votre projet et de pourquoi cette thématique vous intéresse.

«  Colletotrichum higginsianum est un champignon pathogène de plantes qui a un cycle de vie divisé en deux phases distinctes. Initialement, il colonise une première cellule végétale encore vivante (phase biotrophe) et se nourrit des nutriments produits par la plante. Ensuite, il tue la cellule infectée ainsi que les cellules avoisinantes (phase nécrotrophe) ce qui lui permet de massivement coloniser le reste de la plante et de sporuler pour se propager sur les plantes alentours. Des études ont permis de mettre en évidence que certains gènes du champignon, appartenant à la famille des enzymes de biosynthèse de métabolites spécialisés, sont spécifiquement exprimés durant la phase biotrophe de l’infection. Il est connu que les agents pathogènes sécrètent des molécules appelées effecteurs pour détourner les réponses immunitaires des plantes et ainsi achever leur cycle infectieux. Or la majorité des effecteurs décrits dans la littérature sont d’origine protéique. L’objectif de ma thèse est donc de déterminer si certains clusters de gènes produisent des métabolites ayant un rôle de détournement des réponses immunitaires de la plante. En produisant des lignées mutantes, j’ai réussi à identifier un cluster de gène chez Colletotrichum higginsianum nécessaire à la réduction des défenses immunitaires de la plante hôte Arabidopsis thaliana lors de l’infection. La molécule produite par ce cluster étant inconnue, j’ai ensuite utilisé un système hétérologue pour produire la molécule en grande quantité et être capable d’élucider sa structure, sa voie de biosynthèse ainsi que de réaliser des tests d’activité biologique. Les analyses chimiques sont en cours de réalisation en collaboration avec le Museum National d’Histoire Naturelle de Paris. 

La thématique m’intéresse car elle permet de traiter des aspects fondamentaux sur la compréhension des mécanismes mis en place par les pathogènes pour contourner l’immunité des plantes. De plus, ce sujet pluridisciplinaire permet également d’élargir mon spectre de connaissances puisque de nombreuses étapes impliquant de la chimie sont réalisées dans le cadre de mon doctorat. »

Pourquoi avez-vous décidé de travailler sur les plantes ? Qu'est-ce qui vous plaît chez les plantes ?

« À la suite d’un bac S, j’ai entamé des études en Sciences du Vivant à l’Université Paris-Cité. Au cours des unités d’enseignement, j’ai eu l’opportunité de découvrir la physiologie animale mais c’est la physiologie végétale qui a retenu mon attention. Les aspects qui m’ont donné envie de continuer dans ce domaine reposent sur la différence entre l’observable et ce qui se déroule au niveau microscopique. En effet, les plantes d’apparence tranquille cachent une immense complexité des mécanismes qui sont mis en place pour croîitre, produire leur sucre via la photosynthèse et surtout pour s’adapter constamment à l’environnement qui les entoure. Ce qui m’a réellement donné la passion pour ce domaine est la manière dont les plantes sont capables de communiquer avec leur environnement et entre elles, notamment dans la cadre de l’immunité. Aujourd’hui la thématique qui me passionne est l’étude des dialogues moléculaires mis en place avec les micro-organismes de leur environnement, qu’ils soient bénéfiques ou pathogènes. »

Qu’est-ce que le fait d’appartenir à la communauté de recherche en sciences du végétal SPS / Paris-Saclay vous a apporté pendant votre thèse ?

« Le fait d’appartenir à la communauté de recherche en sciences du végétal SPS a été un atout pour moi. Tout d’abord, j’ai pu faire des heures de monitorat dans le cadre du master international PMB, qui appartient au réseau SPS, et j’ai ainsi enseigné dans le cadre du workshop sur les interactions plantes micro-organismes. Cette opportunité m’a permis de découvrir le monde de l’enseignement et m’a confortée dans l’idée que transmettre des connaissances en biologie végétale me plaît réellement. Par ailleurs, appartenir au réseau SPS permet également d’ouvrir des discussions avec un grand nombre de chercheurs dans plusieurs branches du domaine des sciences du végétal. En effet, les nombreuses plateformes SPS ainsi que les séminaires permettent d’appréhender les concepts liés à la biologie végétale dans leur ensemble. »

Qu’est-ce qui vous plaît le plus dans le fait de faire une thèse ? Avez-vous un bon souvenir à partager ?

« Faire une thèse est à la fois enrichissant sur le plan professionnel et sur le plan personnel. Mes stages en laboratoires de recherche m’ayant beaucoup intéressée, je me suis lancée dans l’expérience du doctorat afin de mettre en œuvre un projet sur le long terme. Ce qui me plaîit le plus dans mon projet de thèse est d’une part la question biologique à laquelle je tente de répondre et d’autre part la diversité des expériences à réaliser en laboratoire. En effet, ma thèse s’articule autour de manipulations en biologie moléculaire, en microbiologie, en phytopathologie, en cytologie, en microscopie, en biochimie ainsi qu’en chimie. La multidisciplinarité est pour moi un réel atout puisqu’elle permet de se former sur de nombreux aspects liés à la biologie et à la physiologie. Sur le plan personnel, l’exercice de la thèse en biologie apprend la résilience, l’ingéniosité et cultive la curiosité intellectuelle. De plus, la thèse est une expérience qui permet d’appréhender le travail en équipe, crucial dans le monde de la recherche. J’ai également fait de superbes rencontres et je garderai toujours un bon souvenir de mes années passées à BIOGER. Mon meilleur souvenir sur ces trois années de doctorat restera le jour où mes directeurs de thèse ont décroché deux financements ANRs, l’un lié à mon projet qui nous a permis de débloquer de nombreux verrous liés au manque de financement et l’autre lié à un autre projet de l’équipe qui a permis d’offrir un contrat de thèse à une stagiaire de l’équipe. »

Quelles sont vos aspirations professionnelles après la thèse ?

« Après la thèse, je souhaite continuer dans le monde de la recherche académique et j’aimerais donc poursuivre mon parcours avec un contrat postdoctoral à l’étranger. Idéalement j’aimerai continuer à travailler dans des thématiques relatives aux interactions plante-microbes et aux défenses immunitaires des plantes. A terme j’envisage de candidater sur des postes permanents en tant que chargée de recherche ou maître de conférences. »